Las inversiones son asignadas a cada municipio, conforme a sus necesidades y a la gestión de sus administraciones, a través del Plan Anual de Inversiones, concertado y aprobado en el Comité Directivo (máxima instancia de decisión del PDA) conformado por el Gobernador y los delegados del Ministerio de Vivienda, Ciudad y Territorio, Ministerio de Hacienda, DNP, los alcaldes municipales las corporaciones autónomas regionales Cardique y CSB, y la Secretaría Técnica del Comité a cargo de Aguas de Bolívar.

Los recursos son aportados por la Nación, el Departamento y los municipios y son administrados por una fiducia mediante la figura de patrimonio autónomo y desembolsados conforme se contraten y ejecuten los proyectos. La vinculación de los municipios al PDA es voluntaria y sus aportes a los proyectos del Plan dependen de la disponibilidad de recursos del Sistema General de Participación (SGP) transferidos por la Nación. A la fecha, solo 1 municipio NO hacen parte del PDA Bolívar: Zambrano, pero ya se han agilizado los acercamientos para su vinculación.

El Plan Departamental de Agua es ejecutado por la empresa Aguas de Bolívar S.A. E.S.P., una entidad pública, oficial y descentralizada del orden departamental, constituida mediante Escritura Pública No.2.895 del 29 de diciembre de 2008 otorgada por la Notaría 6ª del Círculo de Cartagena e inscrita en el Registro Mercantil de la cámara de comercio de Cartagena, con el número de Matrícula No. 09-254457-04, como empresa de servicios públicos con una composición accionaria en la que el Departamento de Bolívar posee 51% y los municipios vinculados al Plan el 49% restante equitativamente.

La función misional de Aguas de Bolívar es apoyar a los municipios en el cumplimiento de su responsabilidad legal de garantizar la prestación eficiente de los servicios públicos de acueducto y saneamiento básico a través de la concertación y ejecución de las inversiones y proyectos de infraestructura y de organización de sus empresas de servicios, a fin de lograr mejores condiciones de vida para la población.